LP3M Universitas Janabadra awalnya adalah dua lembaga berbeda, yaitu Lembaga Pengabdian Masyarakat (LPM) dan Lembaga Penelitian dan Pengembangan (LPP). Kemudian pada tanggal 1 Juli 2005, kedua lembaga tersebut bersinergi menjadi Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat. Lalu pada tanggal 1 Juni 2006 dibentuk bidang Penjaminan Mutu (SK 030/Kpts/UJB/2006) di bawah LP3M. Oleh karena itu sejak tanggal 1 Juni, LP3M memiliki dua bidang, yaitu Bidang Penelitian dan Pengabdian Masyarakat serta Bidang Penjaminan Mutu. Pada tahun 2007 dibentuk P3AI dan P2SI untuk memperkuat efektivitas Tim Monev Internal (Penjaminan Mutu). Namun demikian sejak Juni 2009 bidang Penjaminan Mutu terpisah dengan LP3M menjadi Badan Penjaminan Mutu (BPM) dan merupakan organ yang bersifat mandiri.